Generálny prokurátor Maroš Žilinka je často terčom kritiky pre rozhodovanie pri mimoriadnom opravnom prostriedku, verejnosti známom aj ako paragraf 363 Trestného poriadku. Práve pre politický a mediálny dosah takýchto rozhodnutí si prezidentka Zuzana Čaputová vyžiadala rozhodnutia generálneho prokurátora týkajúce sa tohto paragrafu. Žilinka jej odkázal, že na to nemá nárok ani právomoci. Prezidentka preto požiadala o výklad samotný Ústavný súd. Ten však už postavenie generálnej prokuratúry a problematiku paragrafu 363 vysvetlil pomerne jasne.
Práve od spomínaného nálezu Ústavného súdu sa odvíja aj súčasná snaha prezidentky preskúmavať rozhodnutia generálnej prokuratúry. Ústavný súd totiž vo svojom náleze (pod spisovou značkou PL. ÚS 1/2022-270) rozsiahlo a nad rámec návrhov na posúdenie odpovedal na množstvo v tom čase nejasných línií aplikácie práva generálnym prokurátorom. Jednu z nich tvorila aj aplikačná činnosť generálneho prokurátora pri rozhodovaní o danom paragrafe.
Ústavný súd konštatoval nielen to, že spomínaný paragraf 363 je ústavný, ale aj porušenie práva zo strany generálneho prokurátora v jednom prípade použitia paragrafu 363 (stíhanie vo veci). Mnohí preto začali poukazovať na skutočnosť, že aj keď je tento mimoriadny opravný prostriedok ústavne súladný, samotné jeho použitie generálnym prokurátorom v konkrétnych prípadoch už zákonné byť nemusí.