Použili ho ako exemplárny príklad. Jeho meno sa objavilo v mnohých ruských médiách vrátane vládneho periodika Rossijskaja Gazeta. Mediálny záujem o obyčajného farára vyvolal dekrét o jeho suspendovaní, ktorý 2. februára vydal jeho šéf a súčasná hlava Ruskej pravoslávnej cirkvi, patriarcha Kirill (Gunďajev). Dekrét neuviedol dôvod suspendovania kňaza z moskovskej farnosti sv. Andreja v štvrti Ľublino; krátko po jeho vydaní bolo zverejnené, že ho iniciovala sťažnosť istého člena farnosti.
Sťažovateľ uvádza, že kňaz v „Modlitbe za Svätú Rus“ opakovane nahrádzal slovo „víťazstvo“ slovom „mier“. Zrejme by to nespôsobilo až taký rozruch, keby nešlo o modlitbu, ktorú inicioval a prvýkrát predniesol sám patriarcha Kirill počas svätej liturgie ešte koncom septembra minulého roku. Modlitba obsahovala aj inkriminovanú vetu, v ktorej sa kňazovi slovo víťazstvo akosi nepozdávalo: „Povstaň, Pane, a daj víťazstvo tvojmu ľudu svojou mocou.“ Z prosby o víťazstvo preto urobil prosbu za pokoj a mier.
„Závažný delikt“ začala koncom marca vyšetrovať disciplinárna komisia eparchie, ktorá skonštatovala „zlyhanie kňaza“ a celú záležitosť postúpila eparchiálnemu súdu. Vedúci cirkevného oddelenia pre styk s verejnosťou Vachtang Kipšidze odôvodnil vážnosť celej situácie ohrozením cirkevnej jednoty: „Ak niektorý kňaz zmení text modlitby tak, aby zodpovedal jeho zmýšľaniu alebo politickým preferenciám, samotná jednota našej cirkvi bude spochybnená.“
Prípravu kňaza na vlastnú obhajobu sťažil aj fakt, že Kovaľ nedostal pred začiatkom procesu žiadne písomné dokumenty. Súdne pojednávanie dospelo 11. mája k očakávanému verdiktu: J. Kovaľ bol zbavený kňazskej hodnosti podľa predpisu starobylého 25. apoštolského kánona; teda za „porušenie“ sľubov kňazského svätenia.
Nemalá skupina prívržencov kňaza Kovaľa vidí v celom prípade jasný pokus o zastrašovanie pacifistického duchovenstva. Podľa bývalého dlhoročného zamestnanca Moskovského patriarchátu Sergeja Čapnina zostáva strach aj naďalej základným nástrojom, ktorý vedenie pravoslávnej cirkvi v Rusku používa na udržanie duchovenstva pod prísnou kontrolou. Súčasný riaditeľ pre komunikáciu v Centre pravoslávnych kresťanských štúdií na Fordhamskej univerzite patrí k najznámejším a najväčším kritikom moskovského patriarchu Kirilla a jeho „teológie vojny“, čo začiatkom roka potvrdil v emotívnom otvorenom liste adresovanom ruským pravoslávnym biskupom.
Profesor Moskovskej duchovnej akadémie a podpredseda tamojšieho eparchiálneho súdu Vladislav Cypin na druhej strane zdôraznil, že súd rozhodol jednomyseľne: „Išlo o to, že kňaz Ján Kovaľ prišiel so svojou vlastnou verziou modlitby a odmietol sa podrobiť pokynom predstavených. Pri samotnom procese povedal rovnako, že nič nezmení.“ Na otázku, či sa akékoľvek nahradenie slova v modlitbe trestá zbavením kňazstva, profesor Cypin zdôraznil, že hlavný dôvod nie je v slove „mier“: „O všetkom nerozhodovalo len jedno slovo. Principiálne odmietnutie kňaza podriadiť sa hierarchii je hlavným dôvodom pre rozhodnutie v jeho prípade.“
V súvislosti s týmto prípadom pripomeňme nedávnu iniciatívu redakcie pravoslávnej webovej stránky Svätý oheň, ktorá požaduje vedenie Ruskej pravoslávnej cirkvi, aby zbavilo hodností tých duchovných, ktorí sa otvorene postavili proti vojne Ruska proti Ukrajine. Konkrétne ide o 293 signatárov otvoreného listu – kňazov a diakonov –, ktorí ešte v marci 2022 vyzvali na zmierenie a ukončenie vojny. Redakcia vojnu označila za „vykorenenie nacizmu na Ukrajine“ ruskou armádou.
Redaktori webovej stránky požiadali vedenie cirkvi, aby zbavilo kňazstva alebo diakonstva každého, kto podpísal „tento ohavný list, ktorý je zradou vlasti a ruskej armády“. List od „liberálneho duchovenstva“ je „nožom v chrbte ruského vojaka, ktorý oslobodzuje svet od nacizmu“, ako to hrdinsky robili ich predkovia v druhej svetovej vojne. V princípe je list „výzvou na kapituláciu Ruska Západu“.
Ako vzor pre takýto trest redakcia uviedla uznesenie Synody biskupov Ruskej pravoslávnej cirkvi z roku 1943, keď boli duchovní, ktorí prebehli k nacistom, pozbavení kňazstva.