V roku 1703 využíva František situáciu, ktorá vznikla vďaka povstaniu na severovýchode Uhorska, vráti sa do vlasti a postaví sa na čelo povstania. Navyše vydáva patent, ktorým sa snaží naverbovať bežných poddaných tým, že im počas pôsobenia v jeho vojsku sľubuje oslobodenie od poddanských povinností. K Františkovi sa pridávajú nielen prostí ľudia, ale aj šľachta. Vďaka týmto okolnostiam majú povstalci spočiatku úspech. Už v lete 1704 majú Františkovi vojaci, nazývaní aj Kuruci, pod palcom celé horné Uhorsko. V októbri toho istého roku sa dobrovoľne vzdali kuruckému generálovi Šimonovi Forgáčovi aj Košice.

No povstanie sa rozšírilo aj do Sedmohradska. Tu vyhlásili Rákociho za knieža. V roku 1705 bol v Sečanoch vyhlásený za vodcu Konfederácie uhorských stavov. Jeho ďalší osud je spojený aj s Košicami. Práve sem zvolal v roku 1707 snem kuruckej šľachty a stolíc. Mimochodom, býval v budove dnešného Slovenského technického múzea. František sa snaží nadviazať kontakty s Habsburgovcami a rokovať s nimi. Cisár Jozef I. mu síce ponúkne kniežatstvo v inom ríšskom území, no Rákociho to neuspokojilo. Práve tu nastáva zlomový moment.

Najprv morová epidémia v Hornom Uhorsku v rokoch 1708 – 1710. No čo je ešte horšie, František v auguste 1708 prehral aj napriek početnej prevahe tzv. Bitku pri Trenčíne s cisárskymi vojskami. Rákociho život bol počas bitky ohrozený, keď sa snažil povzbudiť najslabšie pravé krídlo povstalcov veliteľa Vavrinca Pekryho. Preskakujúc potok spadol z koňa a stratil vedomie. Táto skutočnosť pôsobila na povstalcov veľmi skľučujúco a demoralizujúco, lebo sa rozšírila správa, že Rákoci zomrel.

No prehral aj dôveru svojich stúpencov, hlavne z radov poddaných. Nepomohli ani sľuby oslobodenia od dávok a povinností a pridelenia pôdy. Povstalci nakoniec v máji 1711 po rokovaniach s cisárom dosiahnu Satmársky mier. Ten vyhovuje hlavne šľachte, lebo vďaka tomu získa ďalšie privilégiá. František medzitým skončil v poľskom exile, kde mu francúzsky kráľ Ľudovít XIV. poskytne Jaroslawské panstvo. Rákoci opäť chystá povstanie. Navyše má opäť šťastné obdobie, keďže v rokoch 1713 – 1715 žije vo Versailles pri Paríži. Pripravovanú rakúsko-tureckú vojnu využije na návštevu u sultána Ahmeda III. Za porážku Viedne mu navrhuje osamostatnenie Sedmohradska.

Sultán ale jeho nadšenie nezdieľal. František ostáva v exile v Turecku, kde mu sultán povolil pobyt v meste Rodosto na brehu Marmarského mora. No Rákoci je tu od roku 1720 sám, bez rodiny a priateľov. O dva roky neskôr sa dozvedá o smrti svojej manželky. Jeho dvoch synov, ktorých francúzsky dvor zahrnul prepychom, už otcove revolučné ideály nezaujímajú. František napokon zomiera v Rodoste 8. apríla 1735 sklamaný a opustený. V tajnosti ho pochovali v kostole svätého Benedikta v Istanbule, kde bola pochovaná aj jeho matka Helena Zrínska. No rakvu s ostatkami Františka II. Rákociho objavil až v roku 1889 bádateľ Koloman Thaly.

Ako už bolo spomenuté, najvýznamnejším centrom jeho povstania boli Košice. Preto nechala uhorská vláda previezť jeho telesné pozostatky v roku 1906 práve sem. Uložili ich v Dóme sv. Alžbety. V roku 2006 bola pred replikou jeho exilového tureckého domu pri Katovej bašte postavená socha.