Sťažovatelia poukazovali na to, že počas Webbovho pôsobenia na ministerstve zahraničných vecí (1949 – 1952) a tiež vo funkcii šéfa NASA (1961 – 1968) vládne orgány systematicky vyhadzovali z práce homosexuálnych zamestnancov za ich sexuálnu orientáciu. Pomenovanie teleskopu po Webbovi tak podľa sťažovateľov nadväzuje na toto "temné a nenávistné obdobie" v dejinách Spojených štátov.
NASA sa teda rozhodla poveriť svojho hlavného historika Briana Odoma, aby Webba prelustroval, a to predovšetkým v časoch jeho pôsobenia na ministerstve zahraničných vecí, ktoré v tom období podľa sťažovateľov obzvlášť vynikalo prenasledovaním LGBTI zamestnancov. Historik vo svojej záverečnej správe uviedol, že nenašiel žiadne dôkazy o aktívnej účasti Webba na prepúšťaní zamestnancov na základe ich sexuálnej orientácie.
O pomenovaní vtedy iba plánovaného teleskopu rozhodol v roku 2002 šéf NASA Sean O’Keefe. Chcel ním vzdať hold Jamesovi Webbovi, pod ktorého vedením NASA vypracovala program letu na Mesiac Apollo. O’Keefe sa údajne o pomenovaní vesmírneho ďalekohľadu neporadil s komunitou astronómov. Pre mnohých dnešných astronómov je však fakt, že Webb zastával v spomínanej dobe vedúce pozície vo vládnych orgánoch, dostatočným dôvodom na odstránenie jeho mena z teleskopu.
"Nepotrebujem vidieť dôkazy, že osobne riadil prepúšťanie osôb LGBTQ+, aby som vedel, že by nemal reprezentovať budúcnosť astronomického výskumu," vyhlásil v súvislosti so správou o Webbovi Rolf Danner, spolupredseda Výboru Americkej astronomickej spoločnosti pre sexuálne a rodové menšiny.